Sejarah berdirinya SMP Kanisius Bambanglipuro atau dulu lebih dikenal dengan Nama SMP Kanisius Ganjuran merupakan prakarsa dari keluarga Schmutzer. Merupakan gereja Katolik pertama yang didirikan di kabupaten Bantul. Kompleks Gereja dan Candi Ganjuran terletak + 20 Km di sebelah selatan kota Yogyakarta, tepatnya berada di dusun Ganjuran, desa Sumbermulyo, kecamatan Bambanglipuro, Bantul. Sekarang ini, komplek Gereja Ganjuran telah dikenal oleh umat Katolik di Indonesia sebagai tempat ziarah yang bernuansa jawa

SMP Kanisius Ganjuran yang sekarang bernama SMP Kanisius Bambanglipuro berada di bawah naungan Yayasan Kanisius Cabang Yogyakarta